Para além de gerir as participações olímpicas portuguesas, o Comité Olímpico de Portugal organiza anualmente os Prémios Ciências do Desporto, uma iniciativa que pretende incentivar o desenvolvimento de investigação científica de qualidade no campo das ciências do desporto. Este prémio convida investigadores portugueses a apresentar os seus trabalhos em três áreas temáticas: nos anos ímpares os temas são “treino desportivo”, “psicologia e pedagogia no desporto” e “medicina no desporto”; nos anos pares são “fisiologia e biomecânica no desporto”, “economia, direito e gestão no desporto” e “história e sociologia do desporto”.

A Fundação celebrou protocolo de colaboração entre 2018 e 2020.