No século XVI, D. Manuel I promove a construção efectiva de um novo centro para Lisboa, polarizado simbolicamente no Terreiro do Paço, com a instalação na Baixa das instâncias políticas, administrativas e cívicas e a consolidação das funções portuária e comercial da cidade. A a urbanização progressiva das colinas ocidentais também favorece o recentramento da cidade no vale.

No NARC foi possível identificar vários troços de arruamentos pavimentados com calçada de seixos quartzíticos e calcários que permitiram a localização destes vestígios no quarteirão pré-pombalino delimitado a norte pela Rua do Selvagem e, a Oeste, pela Rua do Passadiço/Rua da Parreirinha, a partir do qual divergem para Nascente dois pequenos becos: o Bequinho e o Beco do Álamo. Os restos de calçadas foram interpretados como troços da Rua do Selvagem, do Bequinho e do Beco do Álamo. A maioria das estruturas desta cronologia é constituída por fundações, eventualmente pertencentes a edifícios habitacionais, mas surgem também pavimentos, uma moagem, poços, esgotos e canalizações.

Destaca-se um edifício com função habitacional, do qual foram escavados dois compartimentos. A estrutura foi construída no século XVI e as suas fundações estavam já assentes sobre algumas estacas de madeira , documentando a antiguidade desta solução construtiva. O pavimento encontrava-se revestido a tijoleira. A parede do compartimento Sul encontrava-se revestida com um painel de azulejos enxaquetados monocromos (azuis, brancos e verdes), com cercadura verde.

Os materiais cerâmicos mais comuns neste período são a cerâmica comum de pastas vermelhas e homogéneas, a cerâmica vidrada e brunida, a faiança portuguesa e importada e as porcelanas orientais. A este período pertence também um relevante conjunto numismático incluindo ceitis, reis e um tostão, com cronologias entre os séculos XV e XVIII.